En 1989, une pluie de météorites s’abat sur la petite ville de Smallville au Kansas. Les parents de Lana Lang alors âgée de 3 ans, sont tués par une de ces météorites tandis que Martha et Jonathan Kent découvrent dans un champ de maïs un petit garçon et son vaisseau spatial, qu’ils recueillent et élèvent comme leur propre fils.
Douze années ont passé. Clark Kent est devenu un adolescent séduisant qui mène la vie d’un lycéen sans histoires. Pourtant Clark est complexé. Doté de mystérieux pouvoirs qu’il ne maîtrise pas, il n’accepte ni ne comprend ses différences. Il découvrira également les effets néfastes de la Kryptonite sur son organisme et devra lutter contre les choses étranges qui ont transformé la ville depuis cette fameuse nuit.
Ses meilleurs amis, Pete Ross et Chloé Sullivan, n’ont pas la moindre idée de ses pouvoirs. Clark est aussi tombé amoureux de sa jolie voisine Lana Lang, qu’il ne peut hélas pas approcher puisqu’elle porte autour de son cou un pendentif créé à partir d’un morceau de Kryptonite responsable de la mort de ses parents.
Clark sauvera également la vie de Lex Luthor revenu à Smallville pour aider son père à faire tourner l’usine familiale. Ils deviennent tous deux amis, sans se douter qu’une dizaine d’années plus tard, ils seront ennemis jurés.
Jonathan, le père adoptif de Clark, craint d’ailleurs que Lex ne prenne le même chemin que son père, Lionel Luthor.
Coïncidence amusante : Annette O’Toole qui incarne ici le rôle de Martha, la mère adoptive de Clark, a interprété celui de Lana Lang au cinéma dans le film « Superman III »…