Sous le gouvernement de la Grande République, de nombreuses planètes connaissaient une ère prospère. Hélas, c’était sans compter l’humeur belliqueuse des Nieztscheens, qui las de subir la paix entre les différentes races, décidèrent de se rebeller contre l’ordre établi.

Alors qu’il tente de les repousser, Dylan Hunt, le Capitaine du croiseur intergalactique Andromeda Ascendant, est trahi par Gaheris Rahde, son second et ami. Pendant l’évacuation de son équipage, l’Andromeda est happé par un gigantesque trou noir qui le projette 300 ans dans le futur.

La République a été annihilée et le chaos règne sur l’Univers. Le vaisseau Eureka Maru croise alors l’Andromeda Ascendant qui dérive. Les mercenaires qui l’abordent pensent le revendre à leur employeur mais Dylan Hunt est toujours vivant et à force de « négociation acharnée », il parvient à retourner l’équipage de l’Eureka Maru contre leur commanditaire…

Bien décidés à rétablir une paix durable entre les peuples et restaurer la République dans l’Univers, Dylan Hunt et son nouvel équipage tentent de rallier à leur cause le plus de monde possible… mais la tâche sera ardue !