À la suite d’un accident dans un laboratoire, Jake Foley, jeune technicien informatique de la N.S.A. (National Security Agency) est infecté par un liquide contenant des millions de nanites (processeurs informatiques réduits à un niveau moléculaire).

À partir de ce moment, les nanites intégrées à son organisme lui donnent des pouvoirs surhumains : une vitesse extraordinaire, une très grande force, des sens sur-aiguisés et la capacité d’interagir sur tous les types d’appareils électroniques (digicode, ordinateur, feux rouges…).

La NSA prend conscience de l’ampleur des pouvoirs de Jake et décide de former une division d’Opérations Spéciales autour de lui, qui sera composée de Kyle Duarte, un agent special de terrain désormais confiné dans un bureau et chargé de lui apprendre le « métier » ; de Louise « Lou » Beckett, directrice des opérations ; et de Diane Hughes, une des scientifiques à l’origine du projet, qui cherche dorénavant à déterminer les nouveaux pouvoirs de jake et leurs limites.

Tenu par le secret, Jake est tiraillé entre deux univers : celui de super agent et celui de sa petite vie ordinaire de technicien. Darin Metcalf, son meilleur ami et co-locataire, est soudainement muté, et Sarah Heywood, sa copine de fac dont il est tombé amoureux, devient un risque potentiel pour la sécurité nationale… Le rêve de Foley de devenir un agent de la N.S.A. s’est réalisé, mais à quel prix ?